В 1575 г. Арндт поступает в только что основанный университет в Хельмштедте на факультет свободных искусств.[4] О подробностях его учёбы почти ничего не известно. Зато до нас дошло сведение о том, что 14 февраля 1577 года он был посажен в карцер на несколько дней за некую провинность. В том же году Арндт переводится в Страсбургский университет, а в 1579 г. – в Базельский. Из сохранившихся документов мы узнаём немногое – только что он подписывался как «студент медицины» и был горячим приверженцем натурфилософских и медицинских воззрений Парацельса. Почти во всех биографиях Арндта говорится, что он учился ещё и в Виттенберге,[5] но документально это не подтверждается.[6]

В 1581 г. Арндт возвращается домой, в Балленштедт, где получает место школьного учителя. В следующем году он вступает в брак с Анной Вагнер, дочерью городского эрмслебенского судьи Христиана Вагнера. Супруги всю жизнь прожили в любви и мире, но брак их был бездетный. А 30 октября 1583 года Арндт принимает рукоположение (ординацию) и назначается сначала помощником пастора в Балленштедте, а 27 октября 1584 года – пастором в церкви св. Витта в соседнем Бадеборне.

Что заставило думавшего о медицинской карьере и не получившего специального богословского образования Арндта стать не врачом, а пастором? Биографии Арндта приводят два случая, сильно повлиявшие на него. Первый – это некая тяжёлая болезнь, которую он перенёс в годы учёбы. Телесные страдания и близость смерти заставили его серьёзно задуматься о духовной жизни. Второй случай произошёл в Базеле. Купаясь в Рейне, Арндт стал тонуть, и непременно бы погиб, если бы на выручку ему в воду не бросился его товарищ и не спас его. Увидев в этом явное действие Божие, Арндт решил целиком посвятить себя на служение Богу. В маленьком провинциальном Анхальте, судя по всему, ощущалась нехватка пасторов, так что Арндт получил ординацию и без специального образования. Впрочем, общие богословские сведения, получаемые тогда в университетах, были достаточны для несения этого служения, к тому же Арндт, как свидетельствуют списки книг, которые он покупал, постоянно восполнял пробелы в своём образовании самообучением.

Пастырское служение Иоганна Арндта в Анхальте закончилось конфликтом с властями и изгнанием Арндта с родины. Чтобы понять суть этого конфликта, нужно сделать небольшое отступление, касающееся истории становления протестантских церквей в Германии.